Muzeja krājumu veido jūgendstila priekšmeti, kas ražoti vai lietoti Rīgā un Latvijas teritorijā 20. gs. sākumā. Tiek komplektēti: mēbeles, interjera dizaina priekšmeti, lietišķās mākslas priekšmeti, apģērbi un to aksesuāri, mākslas darbi, sadzīves priekšmeti, fotogrāfijas, dokumenti, iespieddarbi, ar K. Pēkšēna dzīvi un darbību saistīti memoriāli priekšmeti u. c.
Muzejs saglabā un popularizē jūgendstila kultūrvēsturisko mantojumu ne vien interjera ekspozīcijā jūgendstila dzīvoklī, bet arī ik gadus organizējot vairākas izstādes Latvijā un ārpus tās, organizējot izglītojošus sarīkojumus dažādām mērķauditorijām un veicot jūgendstila perioda priekšmetu pētniecību.
Muzeja krājuma veidošana sākās 2008. gadā Agritas Tipānes vadībā. Darbā aktīvi iesaistījās arhitekts Eižens Upmanis, mākslas vēsturnieki Ojārs Spārītis, Ilona Audere, Daiga Upeniece un Vita Banga. Latvijā antikvārais tirgus bija ļoti mazs un saglabājušos lietu skaits neliels, jo 20. gadsimtā Latvija cieta divos karos, kā arī daudzi mākslas darbi un citi priekšmeti tika iznīcināti pēckara periodā. No pieejamā nelielā antikvāro veikalu un privātpersonu piedāvājuma tika veikta priekšmetu atlase. Jūgendstila kolekcijas veidošana ieguva lielu rezonansi sabiedrībā.
Muzeja atklāšanas sarīkojumā 2009. gadā Rīgas iedzīvotāji tika aicināti dāvināt muzejam lietas, kas saistītas ar ģimenes vēsturi. Šī tradīcija turpinās līdz mūsdienām, dāvinātās lietas stāsta par pagātni un bieži ir bijušas dzimtas relikvijas. Šobrīd muzeja kolekcija ar vairāk kā 7000 priekšmetiem ir lielākā jūgendstila kolekcija Baltijā.
