1997. gadā Rīga tika iekļauta UNESCO Pasaules kultūras mantojuma sarakstā, īpaši uzsvērot jūgendstila arhitektūras bagātību. Rīgas tehniskās universitātes profesors Jānis Krastiņš bija pirmais, kas Rīgā aktualizēja domu par muzeja izveidi. Darbu projekta uzsāka arhitekte Agrita Tipāne, izstrādājot muzeja koncepciju. Ideju atbalstīja Rīgas dome, un 2005. gadā tika izveidota darba grupa muzeja izveidei. Galvenais bija atrast telpas, kas tolaik bija ļoti sarežģīts uzdevums. Kā vispiemērotākais tika atzīts arhitekta K. Pēkšēna un E. Laubes 1903. gadā projektētais un 1905. gadā uzceltais īres nams Alberta ielā 12. Tas izvietots Alberta un Strēlnieku ielas stūrī un akcentēts ar izteiksmīgu tornīti. Muzeja vajadzībām tika izraudzīts dzīvoklis, kurā kādreiz dzīvojis arhitekts K. Pēkšēns, un pagraba stāva telpas. Muzeja restaurācijas darbi sākās 2008. gadā, tos realizēja restauratori Sandra Priežčiekure, Olga Ceple, Ineta Liepa un Zigfrīds Priežčiekurs restaurācijas vecmeistares Gunitas Čakares pārraudzībā. Arhitekte Liesma Markova izstrādāja muzeja interjera projektu. Kopā ar A. Tipāni tika radīta vīzija par muzeja māksliniecisko tēlu, kam vajadzēja būt spilgtam un vērstam uz cilvēku emocijām. Muzeja koncepcija noteica, ka ir nepieciešams radīt tam laikam atbilstošu interjeru, kurā tiks eksponētas autentiskas jūgendstila perioda lietas. Telpu iekārtojums bija tāds, kāds tas varēja būt bijis pārtikušu rīdzinieku mājokļos 20. gadsimta sākumā. Tika paredzēts eksponēt tikai oriģinālus tā laika priekšmetus, uzsvaru liekot uz Latvijā un Rīgā ražotām un izgatavotām vai arī izmantotām lietām.
Muzejs tika atklāts 2009. gada 23. aprīlī, apmeklētājiem ļaujot aplūkot pirmās trīs telpas – priekštelpu, viesistabu un kamīnistabu. Muzeja izveides turpinājās – restauratori strādāt guļamistabā, virtuvē, vannas istabā un tualetes istabā. 4. decembrī apmeklētājiem tika atvērtas pārējās muzeja telpas, izņemot ēdamistabu, uz kuras griestiem tika atklāti kluso dabu gleznojumi - to restaurācija prasīja laiku. Tika prezentēta arī muzeja Izstāžu zāle. Restaurācijas darbi ēdamistabā tika pabeigti nākamajā gadā, un kopš 2010. gada 8. marta apskatāms viss jūgendstila dzīvoklis.
2016. gadā apmeklētājiem atvērts arī ēkas pagrabstāvs. Ar Eiropas Ekonomikas zonas finanšu instrumenta programmas LV04 „Kultūras un dabas mantojuma saglabāšana un atjaunināšana” iepriekš noteiktā projekta „Rīgas Jūgendstila centra kultūras mantojuma digitalizācija un virtuālā muzeja izstrāde” atbalstu tajā atvērta digitālā ekspozīcija. Tā ir interaktīva un iepazīstina ar jūgendstila perioda mākslu un arhitektūru, kā arī rīdzinieku modes tendencēm, kas aplūkojama senās fotogrāfijās.
Šobrīd muzejs ieņem nozīmīgu vietu pievilcīga un pozitīva Rīgas pilsētas tēla veidošanā, veicinot pilsētas atpazīstamību Eiropā un pasaulē.
