В 1997 году Рига была включена в список Мирового культурного наследия UNESCO, особо подчеркнув богатство архитектуры модерна. Профессор Рижского Технического университета Янис Крастыньш был первым, кто подал идею о создании музея. Работу над проектом начала архитектор Агрита Типане (Agrita Tipāne), которая разработала концепцию музея. Идею поддержала Рижская дума, и в 2005 году была создана рабочая группа для организации музея. Главным было найти помещение, что было достаточно сложной задачей в тот момент. Наиболее подходящим был признан доходный дом по улице Альберта, 12, спроектированный в 1903 году архитекторами К. Пекшеном и Э. Лаубе, строительство которого было завершено в 1905 году. Он расположен на углу улиц Альберта и Стрелниеку и акцентирован выразительной башенкой. Для нужд музея была выбрана квартира, где когда-то жил архитектор К. Пекшен, и подвальное помещение. Реставрационные работы в музее начались в 2008 году, их реализовывали реставраторы Сандра Приежчиекуре, Ольга Цепле, Инета Лиепа и Зигрфрид Приежчиекурс, под руководством старшего мастера реставрации Гуниты Чакаре. Архитектор Лиесма Маркова разработала проект интерьера музея. Вместе с А.Типане было разработано видение о художественном образе музея, который должен был быть ярким и взывающим к человеческим эмоциям. Концепция музея определяла, что необходимо было создать интерьер, соответствующий тому времени, где будут экспонированы подлинные предметы эпохи модерна. Обустройство комнат таково, каким оно могло быть в квартирах обеспеченных рижан в начале 20-го века. Было предусмотрено экспонировать только подлинные предметы того времени, делая упор на предметы, изготовленные или бывшими в использовании в Латвии и Риге.
Музей был открыт 23 апреля 2009 года, дав посетителям возможность осмотреть первые три помещения – вестибюль, гостиную и каминную комнату. Организация музея продолжалась – реставраторы продолжали работать в спальне, кухне, ванне и туалете. 4 декабря для посетителей была открыта остальная часть музея, за исключением столовой, на потолке которой были обнаружена роспись с натюрмортами, реставрация которых требовала времени. Был представлен также выставочный зал музея. Реставрационные работы в столовой были закончены в следующем году, и с 8 марта 2010 года возможно осмотреть всю квартиру в стиле модерн.
В 2016 году для посетителей было открыто также подвальное помещение. При помощи программы финансовых инструментов Европейской экономической зоны LV04 «Сохранение и обновление культурного и природного наследия» ранее определенного проекта «Оцифровка культурного наследия Рижского центра модерна и развитие виртуального музея» была открыта дигитальная экспозиция. Она является интерактивной и знакомит с искусством и архитектурой эпохи модерна, а также модными тенденциями рижан, видными на старых фотографиях.
В данный момент музей играет важную роль в создании привлекательного и позитивного образа города Риги, способствуя увеличению узнаваемости города в Европе и мире.